รีวิว QIAGEN LongRange PCR Kit

บทความโดย คุณอุทัยพร สิงห์คำอินทร์

QIAGEN LongRange PCR Kit

QIAGEN LongRange PCR Kit : เหมาะสำหรับการทำ PCR ที่ target size มีขนาดยาวมากๆ (มากถึง 40 kb ซึ่ง PCR ปกติที่ใช้ Taq DNA polymerase จะได้ความยาวไม่เกิน 5 kb) หรือใช้ในกรณีที่ DNA template มี %GC สูง

– ขนาดชุด kit มีตั้งแต่ 20, 100, และ 25o reactions  (20 kit ราคา 5,050 บาท (ไม่รวม vat) ค่อนข้างแพงมาก 250 บาท/test)

– ส่วนประกอบของชุด kit

Kit components
  • LongRange PCR Enzyme Mix : เป็นตัวที่สำคัญ และให้มาอย่างพอเพียงมาก (8 ul สำหรับ 20 reactions ซึ่งต้องใช้ 0.4 ul/reaction คำนวณดูแล้ว ห้ามทำหก!!! ห้ามดูดเกินเด็ดขาด!!!) ในรายละเอียดไม่ได้บอกไว้ว่าเป็นเอนไซม์ชื่ออะไร บอกแต่ว่าเป็น highly pure recombinant thermostable DNA และมีคุณสมบัติต่อไปนี้ด้วย 5′-3′ exonuclease activity, 3′-5′ exonuclease activity (proofreading ซึ่งไม่มีใน Taq) และ terminal transferase activity(การเติม PolyA tail จึงสามารถนำไปทำ TA/UA cloning ต่อได้ทันที)
  • LongRange PCR Buffer : เป็น buffer ที่เติม Mg มาพร้อมแล้ว
  • Q-Solution : เป็น PCR additive (แต่ไม่ใช่ DMSO) จะช่วยทำให้การ DNA template melting ได้ดีขึ้น
  • dNTP mix 
  • RNase-free water 
– ส่วนประกอบของ reaction mix : เตรียมตาม PCR ปกติ
– PCR condition : ตามคู่มือจะเขียนแยกสำหรับ Long-Range PCR (ขนาด product size 0.1-10 kb) และ Very Long-Range PCR (ขนาด product size >10 kb)
  •   denaturation อุณหภูมิและเวลาที่ใช้ จะเหมือนๆ PCR ปกติ
  •   annealing อุณหภูมิที่ใช้ขึ้นอยู่กับ primer ของเรา
  •   extension ใช้อุณหภูมิ 68 C ซึ่งเหมาะสมกับ LongRange PCR Enzyme แต่ระยะเวลาและขั้นตอนจะต่างกัน โดย Very Long-Range PCR จะเพิ่มระยะเวลา 2o วินาที ในรอบถัดๆไป ของการทำ PCR
ตัวอย่าง Very Long-Range PCR ที่ได้ทำไป :
เตรียม reaction mix 25 ul (เหมือน PCR ปกติที่เคยทำทุกอย่างเปลี่ยนแค่ enzyme และ buffer เท่านั้น)
  • LongRange PCR Buffer  2.5 ul
  • dNTP mix  1.25 ul
  • Forward primer  0.5 ul
  • Reverse primer  0.5 ul
  • RNase-free water  18.05 ul
  • LongRange PCR Enzyme Mix  0.2 ul
  • DNA template  2 ul

PCR condition : เนื่องจากไม่ทราบขนาดของ PCR product และ genomic island มักจะมีขนาดใหญ่มากว่า 10 kb จึงเลือก condition สำหรับ Very Long-Range PCR

  • Initial activation step   93 C    3 min

First 10 cycles :

  • Denaturation   93 C   15  sec
  • Annealing         54 C    45 sec
  • Extension          68 C    10 min
       Next 28 cycles :
  • Denaturation   93 C   15  sec
  • Annealing         54 C    45 sec
  • Extension          68 C    10 min + 20 sec in each additional cycle
  • Hold                       4 C

ผลที่ได้จริงจากที่ลองทำ

1% agarose gel electrophoresis (100 volts 2 hours)
lane1,2 : marker
lane3,4 : sample

สรุปตามความคิดเห็นส่วนตัว

– kit นี้ใช้ง่าย สะดวก ผลที่ได้สวยงาม โอเคเลยทีเดียว

– ราคาแพงไปนิด แต่สำหรับแลบที่รวยๆ ทุนเยอะ คงไม่มีปัญหา(รึเปล่า)

– สั่งซื้อกับบริษัท Bioactive ซึ่งเป็นตัวแทนจำหน่าย QIAGEN แนะนำให้สั่งล่วงหน้าก่อนใช้งานจริงสัก 1-2 เดือน เพราะต้องรอของนาน ยิ่งตอนนั้นที่สั่่งเป็นช่วงน้ำท่วม รอนานมากกว่าสามเดือนเลยทีเดียว

– ไม่ได้มีแค่ QIAGEN ยี่ห้อเดียว มีของ invitrogen ด้วย แต่เค้าจะแยก Kit ตามขนาด PCR product ซึ่งถ้าเป็นกรณีของเราที่ไม่ทราบขนาดของ PCR product ก็เลยเลือกไม่ถูก จึงตัดสินใจใช้ QIAGEN

เผยแพร่ครั้งแรกที่ http://noobnim.in.th/review-qiagen-longrange-pcr-kit/

sarapuk

คนที่อยากเห็น Biomedical Engineering ของประเทศไทย พัฒนาก้าวไกล

One thought on “รีวิว QIAGEN LongRange PCR Kit

  • 17 ธันวาคม 2012 at 21:53
    Permalink

    ขออณุญาติฝากลิ๊งค์ของตัวแทนจำหน่ายQiagenครับ http://www.primasci.com

    Reply

ใส่ความเห็น

อีเมลของคุณจะไม่แสดงให้คนอื่นเห็น ช่องที่ต้องการถูกทำเครื่องหมาย *